El Seminario Diocesano de San Atón, nacido el 3 de mayo de 1664, fue, desde los primeros momentos, un centro de enseñanza abierta a todos los jóvenes de la ciudad tal y como lo había testado don Sancho de Fonseca, cuya cátedra de Gramática era la que se impartía en el Seminario Diocesano. Así fue la enseñanza durante siglos. Por sus aulas pasaron fundamentalmente jóvenes de la ciudad de Badajoz que nunca llegaron a ser sacerdotes y que nunca habían pensado siquiera serlo. San Atón fue el único centro gratuito de Gramática hasta bien entrado el siglo XIX, con la fundación del primer Instituto de Bachillerato en la ciudad. El Seminario Diocesano fue también el primer centro universitario de toda la región extremeña desde el año 1793.

La transformación en Centro Concertado recupera su carácter original de oferta educativa para todos sin perder el origen formativo de futuros sacerdotes. Abre sus puertas en el curso 2000 – 2001, con un claustro de profesores renovado, surgido de un proceso selectivo intentando buscar jóvenes bien preparados académicamente e inquietos espiritualmente.

El Colegio Diocesano San Atón es, pues, una respuesta social y pastoral de la Archidiócesis de Mérida-Badajoz. Se trata de una oferta de educación cristiana en una sociedad pluralista. En definitiva, es un colegio que, asumiendo todo el acervo histórico, quiere continuar, a través del tiempo, su nombre y, sobre todo, sus esencias educativas y pastorales.

El centro educativo ocupa parte del edificio del seminario diocesano; una de sus alas se remodela durante gran parte del año 2000 para acondicionarlo a dar cabida y respuesta a las exigencias de un centro educativo plural en la barriada de San Fernando, en la margen derecha del río Guadiana.

El edificio de tres plantas que antes sirvieron de dormitorios, salas y clases para los seminaristas del seminario menor, pasaron a convertirse en clases, despachos y salas para el desempeño docente. A lo largo de estos años se ha ido reformando el centro según las necesidades inmediatas: el cambio de los laboratorios, la creación de los despachos en la primera  planta, el aula de música, la biblioteca escolar, entre otros. Edificio que cuenta con un gran patio anexo para la práctica del deporte y la celebración de competiciones deportivas, auxiliadas con un gimnasio y la creación de los vestuarios.